Le prime notizie di contrade comprese nel territorio comunale di Santo Stefano di Sessanio di proprietà del monastero di San Vincenzo al Volturno le dobbiamo al Chronicon Vulturnense e risalgono all'inizio del IX secolo. La prima notizia certa dell'esistenza dell'insediamento detto Santo Stefano è dell'anno 1239. L'opera capillare degli ordini monastici determina un aumento delle terre coltivabili, il ripopolamento delle campagne anche ad alte quote, nonché la nascita e il consolidamento di borghi fortificati, tanto più sicuri quanto più in posizione elevata.

Dal XIII secolo Santo Stefano fu compreso nel distretto feudale della baronia di Carapelle che includeva anche Carapelle Calvisio, Castelvecchio Calvisio, Calascio e Rocca Calascio. Santo Stefano seguì le vicende storiche della baronia fino al 1806, anno di abolizione della feudalità. Il borgo divenne dominio nell'ordine delle famiglie Pagliara, Colonna, Celano, Caldora, Accrocciamuro, Piccolomini Todeschini, Del Pezzo, Cattaneo, Medici e Borbone.

Nel 1474, sotto gli Aragonesi, l'abolizione della tassa sugli animali e il riordino dei pascoli di Puglia consentono un forte sviluppo della pastorizia e della transumanza al punto che in quell'anno Santo Stefano, Calascio, Rocca Calascio e Carapelle hanno nella dogana di Puglia ben 94.070 pecore.

Costanza, figlia unica di Innico Piccolomini, cedette la Baronia di Carapelle a Francesco I de' Medici, granduca di Toscana, nel 1579. Queste terre apparterranno ai Medici fino al 1743. In questo periodo Santo Stefano raggiunge il massimo splendore come base operativa della Signoria di Firenze per il fiorente commercio della lana "carfagna", qui prodotta e poi lavorata in Toscana e venduta in tutta Europa.

Nel XIX secolo con l'Unità d'Italia e la privatizzazione delle terre del Tavoliere delle Puglie ha termine l'attività millenaria della transumanza e inizia un processo di decadenza del borgo che vede fortemente ridotta la popolazione a causa del fenomeno dell'emigrazione. Nel XXI secolo l'antico borgo sta avendo una rinascita, grazie al turismo, incentivato dalla politica dei sindaci che si sono susseguiti, grazie alla volontà dei pochi giovani rimasti che, volontariamente, hanno dato il loro contributo alla pro-loco dalla fine degli anni sessanta fino ad oggi e grazie ai primi investimenti dei residenti. Nel 1994 è arrivato in paese un giovane imprenditore, Daniele Kihlgren, milanese di origini svedesi, che ha acquistato gran parte del borgo per realizzarci un albergo diffuso ed ha attirato, grazie al progetto di recupero conservativo del paesaggio, delle tradizioni e degli immobili, l'interesse della stampa nazionale ed internazionale. Ciò ha richiamato nuovi investitori, facendo sviluppare in modo considerevole tutte le attività economiche della zona.

Il 6 aprile 2009 il paese è stato colpito dal terremoto che ha abbattuto la Torre Medicea, simbolo del borgo, e alcune abitazioni, danneggiandone molte altre. Il costo per il restauro della torre è stato stimato intorno al milione di Euro, per un periodo di intervento che doveva essere di circa 2 anni, ma che non è ancora terminato.

Borgo medievale

Il borgo si è sviluppato a partire dal XIV secolo attorno all'antico presidio fortificato della torre Medicea. La torre si presume esistesse sin dall'epoca normanna, isolata sopra un cocuzzolo, e comunicante con la torre di Rocca Calascio, quella di Castel del Monte e di Castelvecchio Calvisio. La torre di avvistamento serviva per controllare i traffici sul tratturo per Foggia, oppure per mettere in allarme la popolazione durante le invasioni nemiche del territorio. Nel XVI secolo, quando Costanza Piccolomini vendette la baronia di Carapelle al duca Francesco de' Medici, il paese già in via di sviluppo, fu ornato dall'inconfondibile stile rinascimentale fiorentino, di cui la torre principale è l'elemento principe.

Il borgo, benché danneggiato dal sisma del 2009, e ancor prima da quello del 1703, è ancora perfettamente conservato, ha la caratteristica del borgo a nido d'aquila che si avvolge con le case attaccate l'una all'altra all'altura della torre centrale, è accessibile da ovest per mezzo di via Nazario Sauro, e da est per via del Cantone, da cui si sale alla porta medicea, che precede la Piazzetta dei Medici, con la cappella della Madonna e il Palazzo delle Logge, sede del capitano di giustizia. Il dedalo di strade, di cui si ricordano via Chiesa e via Torre, portano o a una seconda chiesa, Madonna del Ruvo, dentro le mura (chiesa madre) ed alla torre (erroneamente) Medicea. Molti passaggi sono caratteristici perché voltati, in parte mostranti ancora i contrafforti delle mura, che si sono fuse con le case civili.

Torre medicea

Torre di avvistamento documentata nel XIV secolo e posta in cima al borgo. Si presume che esistesse già prima dell'arrivo della famiglia di Francesco de' Medici, feudatario che nel 1579 acquistò da Costanza Piccolomini la Baronia di Carapelle. La torre, prima del crollo, era alta 20 metri, a pianta cilindrica, in pietra concia locale, con delle caditoie e delle finestre per le balestre. L'intervento dei Medici permise di migliorare il passaggio di ronda con scala a chiocciola, e la sommità, con le caditoie, i beccatelli e la merlatura a ghibellina. Crollata durante il terremoto del 2009, è stata ultimata nell'aprile del 2021.